Zastosowanie metody MLVA do genotypowania Corynebacterium diphtheriae. Badania wstępne.
[The use of MLVA for Corynebacterium diphtheriae genotyping – preliminary studies]

Streszczenie

Poddano analizie sekwencję nukleotydów w genomie szczepu NCTC 13129 C. diphtheriae w celu zidentyfikowania sekwencji powtórzonych (VNTR). Spośród 75 zidentyfikowanych potencjalnych loci VNTR wybrano 14, dla których zaprojektowano oligonukleotydy starterowe i dobrano warunki reakcji amplifikacji PCR. Wstępne badania przydatności wybranych loci VNTR do genotypowania C. diphtheriae przeprowadzono na grupie 28 szczepów. Za potencjalnie przydatne do różnicowania uznano 8 loci. Uzyskane zróżnicowanie w obrębie każdego z markerów wahało się od 1 do 6 alleli (indeks Simpsona od 0 do 0,746). Indeks zróżnicowania Simpsona dla całego panelu markerów badanego na 28 szczepach wyniósł 0,87.

Abstract

The complete genome sequence of strain NCTC 13129 C. diphtheriae were investigated in order to identify tandem repeats (VNTR). From 75 VNTR loci identified in the genome 14 were selected. Primers were designed and PCR conditions were optimized for amplification of the selected VNTR markers. Preliminary studies of usefulness of selected VNTR markers were conducted using a group
of 28 C. diphtheriae strains. From 14 markers 8 were regarded as potentially useful. The diversity of individual markers ranged from 1 to 6 alleles (Simpson index from 0 to 0,746). No diversity were observed for 3 VNTR markers but it could be a results of too small group of strains analyzed in the tests. Simpson diversity index calculated for all the markers tested on 28 strains was 0,87. Results
of the preliminary studies showed usefulness of MLVA for C. diphtheriae genotyping. Nevertheless, confirmation of reliability of the method should be done using a large group of strains. Moreover, the method should be compared with other genotyping methods.