Analiza pełnogenomowych sekwencji trzech wyosobnionych z materiału klinicznego od ludzi szczepów Salmonella enterica serotyp Enteritidis ST11 o obniżonej wrażliwości na ciprofloksacynę
[Analysis of draft whole genome sequences of three clinical strains of Salmonella enterica serotype Enteritidis ST11 with decreased susceptibility to ciprofloxacin]

STRESZCZENIE

Pałeczki Salmonella są drugą w kolejności, najczęstszą przyczyną bakteryjnych biegunek. W większości przypadków zakażenia są samoograniczające się. W ciężkich i uzasadnionych przypadkach lekiem z wyboru w leczeniu salmonelozy u dorosłych są fluorochinolony. W prezentowanej pracy przeanalizowano sekwencje DNA uzyskane metodą sekwencjonowania pełnogenomowego (WGS) z trzech izolatów S. Enteritidis o obniżonej wrażliwości na ciprofloksacynę (MIC = 0,19 mg/l), wyizolowanych od trzech niepowiązanych epidemiologicznie pacjentów. Wszystkie szczepy należały do ST11 i posiadały dwa bardzo podobne wzory MLVA (3-9-5-4-1 and 3-10-5-4-1). Jedynym wykrytym mechanizmem oporności była substytucja Ser83Tyr w podjednostce A gyrazy (GyrA).

ABSTRACT

Introduction: Salmonella is the second the most common bacterial pathogen causing food-borne diarrhoea. Most of Salmonella infections are self-limiting but severe invasive infections which require antibiotic treatment. Nowadays, fluoroquinolones are the drug of choice for the treatment of invasive gastrointestinal infections due to non-typhoidal Salmonella in adults but the number of Salmonella serotypes with decreased susceptibility to ciprofloxacin has increased during recent years.

Material and Methods: Three Salmonella Enteritidis strains with decreased susceptibility to ciprofloxacin (MIC 0.19 mg/l) were isolated from apparently unrelated patients. The strains were sequenced and their draft genomes were analysed for the occurrence of resistance genes, mutations, plasmids, and genotyped using MLST, MLVA and whole genome SNP analysis.

Results: All three strains belonged to ST11, and have closely related MLVA patterns (3-9-5-4-1 and 3-10-5-4-1). SNP analysis showed from 2 to 26 SNP between all the strains. Ser83Tyr substitution in the GyrA subunit was the only resistance mechanism found in all analysed strains.

Conclusions: Our results support previous reports on dissemination of S. Enteritidis strains with altered GyrA and reduced susceptibility to fluoroquinolones.

Keywords: Antimicrobial resistance, fluoroquinolones, Salmonella Enteritidis, whole genome sequencing, WGS, QRDR